Rafał Makowski jest wychowankiem Legii Warszawa. W Pogoni występował na zasadzie wypożyczenia jesienią sezonu 2016-17.
W kolejnych latach środkowy pomocnik grał w Zagłębiu Sosnowiec, Radomiaku Radom, Śląsku Wrocław, Kisvárdzie FC oraz GKS-ie Tychy.
Zawodnik związał się z Pogonią rocznym kontraktem z opcją przedłużenia.
